Ngày 22 tháng 3 năm 1993, Giáo hoàng Gioan Phaolô II bổ nhiệm linh mục Gioan Baotixita Phạm Minh Mẫn làm Giám mục phó với quyền kế vị Giáo phận Mỹ Tho, việc bổ nhiệm này được công bố sau đó vào ngày 15 tháng 3. Ngày 11 tháng 8, lễ tấn phong Giám mục của ông được tổ chức tại khuôn viên Đại Chủng viện Thánh Quí Cần Thơ,[10] với phần nghi thức chính yếu được cử hành bởi Giám mục Chủ phong Emmanuel Lê Phong Thuận, giám mục chính tòa Giáo phận Cần Thơ, hai giám mục Phụ phong là Giám mục Phanxicô Xaviê Nguyễn Quang Sách, giám mục chính tòa Giáo phận Đà Nẵng và Giám mục Phó Giáo phận Bắc Ninh Giuse Maria Nguyễn Quang Tuyến.[8] Ngay ngày 12 tháng 8, một ngày sau lễ tấn phong, Tân giám mục Phạm Minh Mẫn chính thức về nhận chức vụ Giám mục phó Giáo phận Mỹ Tho.[10] Tân giám mục chọn cho mình câu châm ngôn: Như Thầy yêu thương. Nói về châm ngôn này sau khi đã hồi hưu, Phạm Minh Mẫn cho biết ông luôn nhấn mạnh điều này với các linh mục tại các giáo phận từng cai quản. Ông quan niệm Thiên Chúa dạy chúng ta yêu thương nhau và đối thoại trong yêu thương. Ông cũng cho biết trong khoảng thời gian là Giám mục đã qua, ông luôn cố gắng sống theo châm ngôn giám mục mình đã chọn, yêu thương tất cả mọi người và yêu thương không phân biệt, không loại trừ.[11]

Trong Đại hội Hội đồng Giám mục Việt Nam lần thứ VI, các giám mục Việt Nam bầu chọn Giám mục Phạm Minh Mẫn giữ chức Phó Tổng thư ký Giáo tỉnh Sài Gòn nhiệm kỳ 1995 – 1998.[1]